Com a entrenador del Rayo, entre el 2012 i el 2016, Jémez va seure a la banqueta en 164 ocasions. És el tercer tècnic que més partits oficials ha dirigit de l'equip madrileny. Per davant seu només hi ha l'uruguaià Héctor Núñez, amb 176, i Pepe Mel, amb 169.
Paco Jémez torna al Rayo Vallecano
Després de la destitució de Míchel, el tècnic canari torna al club madrileny
MadridPaco Jémez, que va ser al Rayo Vallecano entre el 2012 i el 2016, torna al conjunt madrileny com a nou entrenador després de la destitució de Míchel i ha signat fins al 30 de juny del 2020. Jémez, de 48 anys, torna a la banqueta del Rayo després de la seva marxa el juny del 2016, quan l'equip va baixar a Segona després de quatre temporades en la màxima categoria amb ell al capdavant.
Com a entrenador de l'equip madrileny, Jémez va aconseguir tres permanències, una d'elles amb un històric vuitè lloc a la Lliga 2012/13, però la seva sortida del club va ser traumàtica amb un descens que va incloure crítiques de l'afició sobre l'actitud d'alguns jugadors a la part final de l'últim campionat a Primera amb el tècnic canari a la banqueta.
Després de sortir del Rayo, Jémez va fitxar pel Granada el juny del 2016, club del qual va ser destituït en la sisena jornada després de sumar només dos punts de divuit possibles. Dos mesos després, l'entrenador canari va fitxar pel Cruz Azul mexicà, a qui va classificar per a la fase final del Torneo Apertura 2017 després que l'equip no ho aconseguís els tres anys anteriors. Va ser eliminat en quarts pel Club Amèrica de Mèxic i el 27 de novembre del 2017 va rescindir el seu contracte.
Només un mes després, el 21 de desembre del 2017, va començar la seva segona etapa al capdavant del Las Palmas. Va agafar l'equip canari com a cuer i no va poder aconseguir la permanència. A final de temporada, amb el descens a Segona, no va continuar al club groc.