La canonització de Serra ja va causar polèmica ara fa cinc anys i grups d'indis californians varen fer-hi campanya en contra. Tot i que la historiografia espanyola sovint l'ha venut com un filantrop protector dels indígenes, cal tenir en compte el paper destructiu que varen jugar el cristianisme i els colonitzadors a Amèrica. Diferents historiadors han explorat recentment, amb un punt de vista crític, el paper de Serra i el dels missioners, tal com ja va explicar l'ARA Balears en aquest article de Carol Pogash en el marc de la canonització. Steven W. Hackel, professor d’història del campus de Riverside de la Universitat de Califòrnia i autor de Junípero Serra: California’s founding father ('Juníper Serra: el pare fundador de Califòrnia'), segons Pogash, assegura que Serra era “un home del seu temps” que considerava els indis incapaços d’autogovernar-se o, per exemple, de triar cònjuge.
Els franciscans prenien aquestes decisions en lloc dels indis, explica Hackel. “Se’ls obligava a quedar-se [a la missió] o els soldats els hi tornaven a portar”, comenta. “Els indis ho veien com una forma coercitiva i destructora d’esclavitud, però els franciscans ho veien des d’una òptica diferent”. Alberto Camarillo, professor d’Història dels Estats Units de la Universitat de Stanford, afirma que molts catòlics consideraven que “els milers d’indis que es va cristianitzar i civilitzar” formaven part d’una història de “benevolència, bondat i altruisme”. Per contra, molts indis tenen clar que “la colonització es va caracteritzar pel tractament brutal, els treballs forçats i l’opressió racial dels nadius”, diu.